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Buenas Manuel, 

puedes comprobar si existe ejecutando esto en una consulta a la IC del proyecto:  

select * from Navigation_Nodes where OriginId=2 and ObjectName="TuObjeto"

Si existe en esta tabla , eliminarlo.

Buenas Manuel, 

por lo que he entendido has creado un objeto y un nodo asociado al objeto,¿no?

y¿ has eliminado el objeto sin antes eliminar el nodo?

Si no apareciese en dicha tabla deberías de volver ha crear el objeto , con las mismas características que tenia antes y posteriormente eliminar primero el nodo y una vez tienes claro que no existen mas relaciones , eliminar la colección y el objeto.

Un saludo!